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STR检测 | SSR检测 | 微卫星分型

STR检测 | SSR检测 | 微卫星分型,微卫星标记(microsatellite),又称为短串联重复序列(short tandem repeats,STRs)或简单重复序列(simple sequence repeats),是均匀分布于真核生物基因组中的简单重复序列,由2~6个核苷酸的串联重复片段构成,由于重复单位的重复次数在个体间呈高度变异性并且数量丰富,因此微卫星标记的应用非常广泛。微卫星位点通常通过PCR扩增,扩增产物通过电泳分析并根据大小分离等位基因进行检测。

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服务介绍:

微卫星标记(Microsatellite)也称为短串联重复序列(STR)或简单重复序列(SSR),是广泛分布在真核生物基因组中的简单重复序列。微卫星位点通常通过PCR扩增和电泳检测,并根据片段大小分离等位基因进行分析;扩增后的等位微卫星可以用多种方法检测,传统方法采用聚丙烯酰胺凝胶电泳加放射显影或银染的方法,费时费力效率低。我们利用ABI遗传分析仪对荧光标记的DNA片段进行检测,结合分子量内标进行DNA片段长度计算,使STR分型变得高效快捷,结果也更加精确。


STR分析方法原理:
通过检索DNA数据库或构建基因组文库,获得微卫星序列。由于微卫星两侧的序列在同一物种间是高度保守的,据此可设计荧光标记引物,扩增同一物种甚至不同物种其它基因型的微卫星片段得到多个相差几bp的片段,将扩增产物和内标混合,经ABI测序仪跑胶后,根据峰的个数确定对应样本STR等位基因杂合或者纯合。多个位点的多重PCR扩增,可通过使用几种荧光标记来区分,ABI测序仪对PCR扩增后,荧光颜色不同的DNA片段的峰进行长度检测,DNA片段与内标比较确定长度。最后与以同样方式确定的等位基因Ladder比较,得到未知样本的PCR产物片段分型。

STR分析原理示意图:


服务项目:
1. 多态性引物开发:对于全基因组序列未知的物种,富集含SSR序列的DNA片段,开发出10-30条具有多态性的微卫星序列和引物。
2. 多态性引物筛选:针对含微卫星的序列信息或引物和目标样本,筛选出具有多态性的引物。
3样本批量扩增:用带有荧光标记(FAM/HEX/TMR/ROX等)的引物,对批量样本进行PCR扩增。我公司拥有高通量PCR仪平台,可以满足大量样本扩增需求。
4测序仪检测:带有荧光标记的PCR产物进行稀释后与分子量内标混合,用3730xl等测序仪进行毛细管电泳,并得到原始数据。
5原始数据分析:编制panel和bin等文件,使用正版GeneMapper v4.0软件分析测序仪得到的fsa文件,并生成PDF图谱和Excel文档(包括size、基因分型等信息),分析后的电泳图谱。
6群体多态性研究:对于已筛选好的多态性引物和群体性样本,进行批量检测,并进行遗传学分析。


服务说明:
1. 微卫星位点选择 : 由于有多态性的微卫星位点才可以提供有效的信息,因此在选取微卫星标记时,一定要选取杂合度高的位点,才能尽量多的获得有效的信息。
2. 荧光标记选择 : 可以检测的荧光标记很多种,建议选取FAM(蓝色),HEX(绿色),ROX(红色),TAMRA(黄色,软件显示黑色)。
3. 微卫星位点混检: 混合检测请选用不同荧光标记。如同色荧光混合检测,非特异性扩增条带会影响检测结果。

送样要求:

1. 样品信息:样品名称,样品类型,荧光标记类型及目标范围,是否混样及混样方式。
2. 基因组DNA样品:DNA样品浓度≥50ng/ul,体积最少量为10ul并每增加一个位点增加2ul样品, A260/A280比值为1.8左右,送检DNA样品浓度稀释成相对一致。
3. 血液样品:血液样本用EDTA抗凝剂的真空管采集或枸橼酸钠抗凝,采集后放入-20℃保存,体积大于1ml。
4. 荧光PCR产物或酶切产物:体积≥10ul,琼脂糖电泳能看到目的条带,需避光保存。
5. 细胞(≥106 )、组织(≥300mg)、血液(≥1ml)、基因组DNA(≥20μl,浓度≥ 50ng/μl);引物信息、片段长度范围、琼脂糖电泳图等。

 

提供结果:

引物、微卫星分析的原始数据以及GeneMapper生成的PDF图谱、包含片段长度等信息的Excel文档和进一步的分析结果等。


订单点击下载:STR样品登记单